Tezuka meninggal dunia akibat kanser perut pada 9 Februari 1989 di Tokyo.[10] kata-kata terakhir beliau ialah: "Saya merayu, berilah saya bekerja!", bercakap dengan seorang jururawat yang cuba untuk mengambil peralatan lukisan beliau.

Bandar Takarazuka, Hyōgo, di mana Tezuka membesar, membuka sebuah muzium di ingatan.[2] Setem dikeluarkan sempena nama beliau pada tahun 1997. Selain itu, bermula pada tahun 2003, syarikat mainan Jepun Kaiyodo mula pembuatan siri patung ciptaan Tezuka, termasuk Princess Knight, Unico, Phoenix, Dororo, Marvelous Melmo, Duta Magma dan lain-lain lagi. Setakat ini tiga siri patung telah dikeluarkan.

Legasi beliau terus dihormati di kalangan artis Manga dan animator. Artis seperti Hayao Miyazaki (Spirited Away) dan Akira Toriyama (Dr. Slump dan Dragon Ball)[11] telah dinamakan Tezuka sebagai inspirasi untuk karya mereka.

Dari tahun 2003 hingga 2009, Naoki Urasawa dan Takashi Nagasaki mengdaptasikan lengkok Astro Boy ke dalam siri pembunuhan misteri Pluto.[12]

Tezuka adalah kawan peribadi (dan pengaruh seni jelas) daripada artis komik Brazil Mauricio de Sousa. Pada tahun 2012, Maurício menerbitkan cerita arc dua isu dalam Monica buku komik Remaja yang memaparkan beberapa watak-watak utama Tezuka, seperti Astro Boy, Black Jack, Sapphire dan Kimba, menyertai Monica dan rakan-rakannya di pengembaraan di dalam hutan hujan Amazon terhadap organisasi penyeludupan menebang beratus-ratus pokok. Ini adalah kali pertama yang Tezuka Productions telah membenarkan artis luar negara untuk menggunakan aksara Tezuka.[13]